《黄飞鸿之铁鸡斗蜈蚣》讲述了清朝末年广州的一段武侠故事。宝芝林的弟子日渐增多,旧址已容纳不下,梁宽和牙擦苏便为师父另觅新址。黄飞鸿搬进去后才发现,隔壁竟然是一家妓院。妓院老板黄狮虎一心想拜黄飞鸿为师,弟子们也暗自欢喜,自重身份的黄飞鸿却十分尴尬,由此闹出不少笑话。与此同时,广州接连发生年轻女子失踪的案件。清廷命官雷一笑表面上是朝廷官员,实际上是义和团余孽,他与上级官员及能仁寺的花和尚勾结,掳掠女子,准备贩卖到南洋,再用所得钱财购买军火。从四川来的铁燕和父亲到广州寻找失踪的妹妹,因为偷听到雷一笑与黄飞鸿的对话,误以为两人是同伙,对黄飞鸿处处敌视。黄飞鸿察觉雷一笑的阴谋后,开始设法营救被拐女子,也因此成为雷的眼中钉。之前为了救治病人,黄飞鸿拿自己试服西药,结果在与梁宽、牙擦苏等人舞狮时双耳突然失聪,被雷一笑及其手下扮成的"蜈蚣"击败。在回佛山医治的路上,他与铁燕父女化解了误会,并联手追查案件。铁父暗中调查时被发现并被打伤,铁燕只好向黄飞鸿求救。恢复听力后,黄飞鸿与弟子们重整旗鼓,在能仁寺与反派高手激战,又在悬空绳桥上展开一场惊险对决。决战中,黄飞鸿身穿"铁鸡"装束,以鸡形招式冲破"蜈蚣阵",救出被囚女子,随后与雷一笑单打独斗。雷一笑身穿带棘的铠甲,破了黄飞鸿的无影脚,逼得黄飞鸿改用醉拳,最终将其击败,笑面虎阴谋覆灭,被拐女子重获自由,广州恢复平静。