《黄飞鸿之二:男儿当自强》讲述了清光绪二十一年(1895年),甲午战败、《马关条约》签订后,岭南武术宗师黄飞鸿在广州卷入时代风暴的故事。黄飞鸿带着十三姨和徒弟梁宽,从佛山乘火车到广州出席一场医学研讨会。此时广州局势混乱:街头有民众抗议《马关条约》,排外的白莲教四处攻击洋人、毁坏洋物。十三姨想给白莲教众拍照,险些被掳走,黄飞鸿及时赶到救下了她。研讨会上,黄飞鸿讲解针灸,一位受过西医训练的医生孙文为他担任翻译。会场随后遭到白莲教火箭袭击,众人侥幸脱身。黄飞鸿本想带十三姨和梁宽返回佛山,却得知白莲教正在围攻教授外语的同文馆,于是赶去救出一群孩童。客栈老板怕惹祸,不肯收留孩子。黄飞鸿到衙门求助,遇上清廷将领纳兰元述,对方以棍术试探他的身手,却拒绝了他的请求。十三姨和梁宽只好把孩子们带进正被白莲教包围的英国领事馆。在领事馆里,黄飞鸿再遇孙文,得知他与好友陆皓东正秘密策划推翻清廷、建立共和。纳兰元述想进馆搜捕陆皓东,被领事拦下。当夜他派兵假扮白莲教众闯入,再借平乱之名带兵进馆搜捕,并暗中杀死识破诡计的领事。陆皓东乔装成梁宽,随黄飞鸿脱身,梁宽则假扮陆皓东引开追兵。黄飞鸿与陆皓东被迫闯入白莲教神坛,黄飞鸿激战教主九宫真人,失手使他被神像的手指刺穿身亡,也揭穿了他身穿护甲、假称刀枪不入的骗局。之后三人去取记录革命党人名单的名册,却遭纳兰元述伏击,陆皓东中枪。黄飞鸿与纳兰元述缠斗拖住追兵,陆皓东与梁宽趁机烧毁名册。陆皓东临终前拦下梁宽,不让他烧掉包书的布,嘱咐他到码头交给孙文。黄飞鸿与纳兰元述在巷中展开最后对决,一方用竹棍,一方用布棍。黄飞鸿一度被布棍勒住脖子,挣脱后以断竹的尖刺割喉击杀对手。天将破晓,黄飞鸿与梁宽赶到码头,把布抛给即将离开的孙文。孙文展开一看,布上正是陆皓东设计的青天白日旗。