《黄飞鸿之五:龙城歼霸》讲述了清朝末年八国联军攻入北京后,朝廷出逃、天下大乱之际,黄飞鸿的故事。他与父亲黄麒英、十四姨、徒弟梁宽和鬼脚七一行人南下番禺,准备与十三姨、猪肉荣、牙擦苏会合,再一起前往香港定居。旅途中,黄飞鸿与十三姨、十四姨两姐妹之间的感情纠葛也越来越微妙。两姐妹都倾心于他,为了讨他欢心各出奇招,闹出不少笑话。到了番禺,一行人与担心海盗抢粮的南粤米仓守卫发生误会,双方先打后和。黄飞鸿帮忙把盗米贼送进衙门,却发现幕后指使偷米的竟是差役领班谢四。原来南海海盗趁乱横行,封锁海路,地方官员早已卷走公款逃走,留下的驻军和差役没有粮饷,只能靠偷盗糊口。黄飞鸿被谢四等人守土护民的忠义打动,决定暂缓赴港,留下来帮助当地组织民间力量抗击海盗。其间,梁宽和牙擦苏等人好出风头,屡次挑衅海盗而受伤。鬼脚七在营救梁宽时被海盗首领张保仔抓伤了腿。海盗阵营有单眼英、张玉麟等悍匪,传说中已死的老海盗王张保仔也现身,行事诡异,武功高强。黄飞鸿带领徒弟、差役和百姓,与海盗三度交锋,最后在决战中亲手击败并诛杀张保仔,解除了海盗对地方的威胁。战事平定后,黄飞鸿一家决定迁往香港,协助当地维持治安,故事就此落幕。